Po święceniach przez pięć lat prawdopodobnie pracował w seminarium świętokrzyskim, m.in. na stanowisku dyrektora kleryków misjonarskich oraz w duszpasterstwie parafialnym. W 1857 r. został profesorem włocławskiego seminarium, wykładał historię Kościoła, ceremonie, łacinę, a w roku akademickim 1857/1858 uczył teologii. W 1959 r. wyjechał do Lwowa, gdzie przez trzy lata był kapelanem i spowiednikiem sióstr miłosierdzia. W sierpniu 1862 r. przybył do Krakowa i zamieszkał z konfratrami u pijarów, a następnie 7 lipca 1863 r. przeszedł z nimi na Kleparz. Na Kleparzu przez rok był prokuratorem. 

We wrześniu 1863 r. został przeniesiony na Stradom, gdzie przez kolejne 10 lat sprawował urząd ekonoma seminarium diecezjalnego i domu zgromadzenia na Stradomiu oraz kapelana sióstr miłosierdzia przy szpitalu św. Łazarza. Był także kapelanem szkoły przy kościele św. Łazarza w Krakowie (1864–1865). Jego ryzykowne operacje z papierami wartościowymi na giełdzie spowodowały utratę funduszy, gromadzonych przez zgromadzenie na dokończenie fasady kościoła pw. Nawrócenia św. Pawła w Krakowie.

Wskutek tego ks. Siedlecki opuścił zgromadzenie w 1873 r. i przez bpa Gałeckiego został przyjęty do diecezji krakowskiej. Zamieszkał przy Placu Mariackim 2, potem na Małym Rynku 7 (wybudował 3 piętro i wystawił nowy dom ku Plantom na miejscu ogródka). Przez rok 1873–1874 był suplentem (zastępcą etatowego nauczyciela)  w I szkole głównej w Krakowie. W latach 1874–1884 był katechetą w szkole pospolitej (II szkole głównej męskiej) przy kościele św. Barbary w Krakowie, od 20 sierpnia 1881 r. do 1882 r. zastępcą katechety II gimnazjum w Krakowie. W latach 1878–1895 był także spowiednikiem (penitencjarzem) w kościele Mariackim (1879–1881 prokurator kolegium księży penitencjarzy). Od 1881 r. do 1882 r. redagował i wydawał Orędownika Niepokalanego Serca Maryi. W okresie od 1881 do 1 lipca 1895 był rektorem (prebendarzem, administratorem) kościółka św. Wojciecha na krakowskim Rynku. Posiadał także godność kanonika loretańskiego.

Po wystąpieniu ze zgromadzenia nadal utrzymywał kontakty z misjonarzami, m.in. pośredniczył w kupnie dużej parceli oraz domu wakacyjnego dla kleryków w Krzeszowicach pod Krakowem. Prawa autorskie do swoich dzieł, w tym także do Śpiewniczka kościelnego, przekazał w 1893 r. misjonarzom tytułem restytucji. Można powiedzieć, że w ten sposób wielokrotnie odkupił swoje poprzednie ryzykowne decyzje finansowe. 1 maja 1895 r. przeszedł na emeryturę. Początkowo zamieszkał w domu fundacji Helclów, a od 1896 r. ostatnie lata życia spędził w domu księży emerytów, przy ul. św. Marka w Krakowie. 28 grudnia 1901 r. przewieziono go do szpitala św. Łazarza, gdzie zmarł 10 lutego 1902 r. Został pochowany na Cmentarzu Rakowickim. Cieszył się ogólnym poważaniem, był lubiany przez wszystkich ze względu na staropolski humor i dobre serce. Zwłaszcza młodzież szkolna lgnęła do oddanego jej całą duszą wychowawcy.

Był autorem ok. 40 publikacji religijnych. Niektóre z nich miały po kilka wydań, jak np. Mały katechizm dla młodzieży, którego w latach 1874–1879 wyszły IV wydania. Część tekstów swoich publikacji napisał sam, część zebrał i opracował, inne przetłumaczył. Jednak największym jego pomnikiem były śpiewniki. Warto zapoznać się ze spisem publikacji ks. Siedleckiego podanym w aneksie.

Jak pisze ks. prof. Karol Mrowiec, ks. Jan Siedlecki podjął się ułożenia śpiewnika kościelnego nie z pozycji „wrażliwego na piękno melodii muzyka, gdyż nim wcale nie był, lecz z pozycji katechety, który w pełni doceniał przydatność pieśni kościelnych w nauczaniu religii i młodzieży”. Na przestrzeni 125 lat (1876–2001) śpiewnik bardzo ewoluował, zmieniały się kolegia redakcyjne, a wraz z nimi pomysły kształtu wydawnictwa. Nie wpłynęły one jednak negatywnie na markę śpiewnika, który mimo konkurencji, obronił swoją pozycję. Dziś można bez przesady stwierdzić, że w XX w. był najbardziej popularnym śpiewnikiem kościelnym w Polsce, mimo obecności urzędowych śpiewników Kościoła polskiego: Śpiewnika kościelnego, wydanego w Poznaniu w 1955 r. czy Śpiewnika Liturgicznego wydanego w Lublinie w 1991 r.

Ks. Siedlecki jako doświadczony katecheta, autor kilku katechizmów, dobrze rozumiał, jaką rolę odgrywa pieśń kościelna w wychowaniu religijnym. Jednak ówcześnie dostępne śpiewniki albo były zbyt obszerne, albo niekompletne. Opracował więc nowy śpiewnik, najpierw taki na próbę, jednocześnie przygotowując wydanie z melodiami na dwa głosy, które ukazało się w 1878 r.

Bibliografia ks. Jana Siedleckiego

Bibliografię ks. Jana Siedleckiego przytaczam za spisem dokonanym przez S. Janaczka i S. Rosponda (Bibliografia misjonarska). Została ona uzupełniona o informacje zgromadzone w teczkach personalnych znajdujących się w AMS, a także o informacje z katalogu Biblioteki Jagiellońskiej.

1. Nowenna do Najświętszej Maryi Panny z Lourdes, Kraków 1872.

2. Wyd.: Litania do Najświętszej Maryi Panny z Lourdes, Kraków 1873, stron 4.

3. Wiadomość krótka o Najświętszej Pannie z Lourdes z Nowenną. Przekład z francuskiego przez ks. Jana Siedleckiego, Kraków 1873; Drukarnia W. Korneckiego, stron 105; Kraków 1875, nakład Ks.Ks. Misjonarzy Krakowskich, Drukarnia L. Paszkowskiego, stron 116; Kraków 1882, stron 125; 1895 – bez udziału ks. Siedleckiego w przeróbce.

4. Katechizm początkowy Rzymsko-Katolicki. Ułożony przez X. J.S. na klasę pierwszą ludową, Kraków 1874; nakładem ks. Jana Siedleckiego; drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 37.

5. Mały katechizm dla młodzieży rzymsko-katolickiej do katechizmu ludowego zastosowany, a przez ks. Jana Siedleckiego ułożony, Kraków 1874; Drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 70; Mały katechizm dla młodzieży rzymsko-katolickiej przez X. Jana Siedleckiego Katechetę szkoły pospolitej u św. Barbary w Krakowie ułożony, wyd. poprawne i znacznie powiększone, Kraków 1876, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 78; wyd. poprawne i powiększone Kraków 1877, stron 88; wyd. poprawne i powiększone, Kraków 1879, stron 94.

6. Nowenna do ś. Jana Kantego patrona polskiego i uczącej się młodzieży, Kraków 1876, Drukarnia Wł. Anczyca, stron 71; Nowenna do ś. Jana Kantego Patrona polskiego i uczącej się młodzieży z nadanemi odpustami od Piusa IX, wyd.  poprawione i powiększone, Kraków 1880, nakładem autora, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 96.

7. Nowenna do Najświętszego Niepokalanego Serca Maryi z przydaniem na każdy dzień budujących przykładów oraz modlitw odpowiednictwa zastosowanych do potrzeb szczególnie Członków Arcybractwa Niepokalanego Serca Maryi kanonicznie zaprowadzonego w Kościele Panny Maryi w Krakowie. Przez ks. Jana Siedleckiego, Kraków 1879, nakładem autora, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 132.

8. Ceremoniał w czasie Konsekracji czyli poświęcenia Biskupa zebrany z ksiąg liturgicznych przez X. Jana Siedleckiego, Kraków 1879, czcionkami Drukarni „Czasu”, stron 16.

9. Nauka o Odpustach z okazyi zapowiedzianego Nadzwyczajnego Jubileuszu na rok 1881 przez Leona XIII Namiestnika Jezusa Chrystusa z dodaniem modlitw w czasie nawiedzin Kościołów dla Dyecezyi Krakowskiej ułożył i zebrał ks. Jan Siedlecki, Kraków 1881, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 72.

10. Wydał: św. Alfons Liguori Niepokalane Serce Maryi według… czyli rozmyślania na miesiąc Maryi, tłumaczenie z francuskiego, Kraków 1881, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 167; toż Kraków 1885.

11. Nowenna do św. Tekli, panny i męczenniczki, patronki dobrej śmierci, Kraków 1883, stron 60; Kraków 1906, nakła­dem P. Radosza /kościelnego/, Drukarnia W. Poturalskiego w Podgórzu, stron 64.

12. Nowenny do Najśw. M.P. na wszystkie uroczystości i święta, Kraków 1884, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego; 40 nowenn do Najświętszej Maryi Panny, Kraków 1885; 53 nowenn do Najświętszej Maryi Panny na wszystkie święta uro­czyste kościelne i do miejsc świętych, Kraków 1889, stron 478.

13. Żywot św. Onufryusza, wielkiego pustelnika, królewicza perskiego, patrona szczególnego w zawikłanych sprawach oraz patrona długiego życia, z Tryenną i Decymką, Kraków 1885, stron 30.

14. Szkaplerz biały na cześć św. Józefa, Kraków 1885.

15. Rozmyślania siedmiu boleści Najśw. Maryi P. na sposób drogi krzyżowej, Kraków 1885.

16. Śpiewy chłopców podczas procesji w niedzielę palmową, Kraków 1886.

17. Jubileuszka dla diecezji krakowskiej zawierająca List Apostolski Leona XIII Namiestnika Jezusa Chrystusa ogłaszającego nadzwyczaj­ny jubileusz przez cały rok 1886 trwąjący z dodatkiem nauki o od­pustach i modlitw w czasie nawiedzenia kościołów, ułożył i zebrał ks. Jan Siedlecki, Kraków 1886, stron 87.

18. Zegarek Męki Pańskiej oraz modlitwy do Najdroższej Krwi Pana Je­zusa i Twarzy Jego Najświętszej, w drukarni Uniwersytetu Jagiellońskiego, Kraków 1886, stron 32; toż z dotatkiem w tytule oraz ko do pięciu ran P. Jezusa. Dla wygody Bractw ukrzyżowanego Pana Jezusa, Męki Pańskiej, Krwi Przenajświętszej i Oblicza, nakładem autora w drukarni Uniwersytetu Jagiellońskiego, Kraków 1893, stron 32.

19. Żywot św. Maryi Magdaleny, wraz z litanią, modlitwami i pieśnia­mi do tejże świętej, z dodatkiem Litanii do św. Antoniego Padew­skiego, patrona zgubionych rzeczy, Kraków 1886, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 46.

20. O medalu św. Benedykta i koronce ku czci Pana Jezusa, Kraków 1887, stron 48, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego; inne wyd. (II?) Kraków 1891, stron 47, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego; kolejne wyd. Kraków 1894, stron 47.

21. Pamiątka pierwszej Komunii, zawierająca treść głównych zasad wiary, sposób słuchania mszy świętej oraz naukę o N. Sakramencie, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, Kraków 1887, stron 51 + X; wyd. z dodatkiem w tytule O Najświętszym Sakramencie i bierzmowaniu, Kraków 1887, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 77.

22. Przełożył z francuskiego i wydał: Opis koronki krzyżackiej, 500 dni odpustu na każdym paciorku oraz życiorysy św. Ottylii panny i Ottylii męczenniczki, patronek od bolu oczu, z dodaniem nowen­ny, Kraków 1888, stron 43.

23. Opis koronki czarnej z dodaniem aktu heroicznego, nowenny i skar­bony duchownej i officjum za dusze zmarłych, Kraków 1888, stron 48, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego; Opis koronki czarnej z dodaniem aktu heroicznego, nowenny, skar­bony duchownej i officjum za dusze zmarłych, Kraków 1890, stron 112; inne wydanie Opis Koronki Czarnej z dodaniem Aktu heroicznego Nowenny za dusze zmarłych i Skar­bony duchownej, Kraków 1893, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 49.

24. J.M.J.A. Siedem pobożnych modlitw do Matki Boskiej na każdy dzień tygodnia oraz św. Alfonsa Liguoriego odpustami obdarzone, Kraków 1888, nakładem ks. Siedleckiego, stron 16.

25. Karta wpisowa do bractwa Nieustającej czci S. Józefa, Opiekuna Kościoła powszechnego, zaprowadzonego w kościele archiprezbite­ryalnym N.P. Maryi [w Krakowie] z woli Jego Świątobliwości Leona XIII Papieża, za rządów Jego Książęco-Biskupiej Mości J.O. X. Albina Dunajewskiego, a za zarządzającego kościołem N.P. Maryi JW. JM. X. Ludwika Bobra, Infułata i Archiprezbytera tegoż kościoła. Zebrał X. Jan Siedlecki, Spowiednik przy kościele N.P.M. w Krakowie, Kraków 1889, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 38.

26. Książka do nabożeństwa z modlitwami odpustowemi, za staraniem Jego Książęco-Biskupiej Mości J.O.J.X. Albina Dunajewskiego Biskupa krakowskiego wydał X. Jan Siedlecki Spowiednik przy kościele N.P.M. i Administrator kościoła św. Wojciecha w Krakowie, Kra­ków 1889, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, cz. I – stron 85 +  XXII, cz. II – stron 514, w jednym woluminie.

27. Modlitwy odpustowe do św. Józefa, opiekuna Kościoła powszechne­go, z dodaniem nowenny i pieśni, Kraków 1889, stron 47.

28. Officyium czyli godziny na cześć N. Bogurodzicy Panny Maryi według obrządku Kościoła rzymskiego, Kraków 1890, nakład autora, stron 232.

29. Życiorys siostry Maryi od Pana Jezusa ukrzyżowanego, karmelitan­ki, Kraków 1891, stron 72, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego; toż wydanie misjonarskie sprzed 1914, stron 72.

30. Koronka do Trójcy Przenajświętszej oraz Rożaniec i Godzinki o Najświętszej Maryi Pannie z melodyami; Kraków 1891, nakładem X. Jana Siedleckiego; drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 40.

31. Błogosławione Dyanna, Cecylia i Amanda, duchowne córki Świętego Domi­nika, napisał ks. Jan Siedlecki, Kraków 1893, nakładem ks. J. Siedleckiego, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 46.

32. Kościółek św. Wojciecha w Krakowie, prawie najdawniejszy, Kraków 1893, nakładem autora, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 4.

33. Officyum żałobne czyli wigilie kościelne za dusze w czyścu cier­piące, tudzież msza św. i modlitwy za dusze zmarłych, Kraków 1894, nakładem ks. J. Siedleckiego, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, stron 81.

34. Wiadomość o wyobrażeniu Najśw. Dzieciny Jezus cudami sławnym w Rzymie w kościele br. Mniejszych św. o. Franciszka przy Araceli, Kraków 1894, drukarnia Uniwersytetu Jagiellońskiego, nakład ks. J. Siedleckiego, stron 7.

35. Pielgrzymka polska do Loreto i Rzymu w r. 1895, aprobowana przez Najprzew. książęco-biskupi konsystorz diecezji krakowskiej dnia 19 stycznia 1895, Kraków [1895], stron 15.

36. Wydał: Modlitwy i ustawy arcybractwa Trójcy Przenajświętszej, Kraków 1897, nakład ks. Jana Siedleckiego, Drukarnia Związkowa, stron 92.

37. Przełożył z francuskiego: Wiadomość historyczna o życiu P. Du­pont przez ks. Janvier, dyrektora Arcybractwa Najśw. Oblicza, Kraków; misjonarskie wydanie tej broszury sprzed 1932, Kraków, stron 79.

38. Red.: Orędownik Arcybractwa Najśw. Serca Maryi ku nawróceniu grzeszników, Kraków 1881–1882. W sumie wyszło 5 numerów.